De exacte oorzaak is niet bekend en er zijn aanwijzingen dat het pijncentrum in de hersenen verkeerd is afgesteld. De factoren die kunnen mee spelen zijn genetisch bepaald, infecties, fysiek of emotioneel trauma, stress, of door andere medische aandoeningen zoals artrose, reumatoïde artritis of lupus.
Een arts zal vaststellen of iemand fibromyalgie heeft door te testen op 18 tenderpoints, die artsen internationaal met elkaar hebben afgesproken. Mensen met fibromyalgie hebben pijn op meer dan elf van die achttien punten